Bảo tàng được thành lập vào năm 1868, theo khởi xướng của Hiệp hội sinh vật cảnh Bratislava và Heinrich Justi. Năm 1923, tòa thị chính chuyển giao quyền quản lý bảo tàng cho Viện Khoa học của Thành phố Bratislava. Ba mươi năm sau, Bảo tàng Thành phố Bratislava trở thành một tổ chức hoạt động độc lập.[1]